El bajo es de proporciones rectangulares cubierto con un artesonado de madera decorado con motivos de ovas, ferronías y ondas de clara inspiración serliana. Su autoría como recientemente ha publicado Rodríguez Duarte corresponde a Gonzalo Martín y Miguel González, quienes cobraron 310 ducados por las dos techumbres de los coros. La misma autora descubre el autor de la sillería del coro bajo. Esta fue pagada en 1607 a los maestros ensambladores Hernando de Moya y Martín Cristiano. El mismo Moya haría también la carpintería de la cratícula del comulgatorio. Las rejas, tanto la del coro alto como la del bajo fueron colocadas en 1608 momento en que se pagará a su autor Melchor Torres, quien también se ocuparía de las rejas del comulgatorio de las monjas.
El conjunto de la obra de arquitectura fue dirigido como se verá más adelante por Alonso de Vandelvira, quien contará con la colaboración de Cristóbal de Rojas. Por lo que se refiere a los bienes muebles ubicados dentro del coro bajo se deben destacar los lienzos de Santa Clara del siglo XVI, un crucificado y un lienzo de la Trinidad, ambos del siglo XVII, una Virgen de Guadalupe, un Jesús con la cruz a cuesta y algunas copias de obras de Murillo datables en el siglo XVIII y las obras del siglo XIX entre las que se pueden citar el lienzo de San Francisco y de la Virgen del Carmen. Más interesante parecen las tallas de San Francisco, atribuible a Luisa Roldana, la cabeza de San Juan Bautista firmada "(G)arrido ft. 1844", y un crucificado de pasta de madera de tradición goticista. Para terminar con el coro se debe citar el facistol situado en el centro del recinto, en cuyo pie se puede leer "G. Cano", aunque algunos autores lo han atribuido a Alonso Cano.