El Sistema de Gestión de la Calidad.  Su objetivo es mejorar la organización en todos sus ámbitos, logrando satisfacer las necesidades y expectativas de sus grupos de interés. Se basa en el impulso y desarrollo de una cultura de mejora continua y en la aplicación del concepto de calidad total. En este contexto la institución ha definido su misión, visión y valores, así como su política general de calidad. 
 
El sistema se diseñó el pasado año 2010 con el impulso permanente de la dirección y cimentado en la implantación de la gestión por procesos en toda la organización. El enfoque por procesos supone una transformación desde un modelo tradicional de organización, donde las funciones se organizan en torno a estructuras departamentales, a un modelo basado en procesos de trabajo que persiguen fines comunes y transversales, dentro de una organización concebida como un sistema horizontal. Estos procesos deben tener una misión definida, resultados medibles y estar en permanente revisión y mejora. 
 
Se ha identificado un mapa del IAPH conformado por 20 procesos, tanto estratégicos, como operativos y soporte. En cada uno de ellos se ha establecido su misión, descripción, agentes implicados, así como los indicadores de calidad y las oportunidades de mejora que se irán abordando en los sucesivos planes de mejora a desarrollar en la institución.