IAPH. Instituto Andaluz del Patrimonio Historico

Desde su concepción original, la iglesia de San Sebastián (después del Santo Cristo de la Salud), pretendía la transmisión de unos valores religiosos determinados por los principios de la Compañía de Jesús. Lo más destacado de su ornamentación es la bóveda semiesférica, que presenta una serie de santos mártires que casaba a la perfección con la idea de "soldados de Cristo" de los jesuítas. Estas pinturas, realizadas por un propio hermano de la Compañía, Andrés Cortés (1643), son de una estética majestuosa manierista, en la que se mezclaban recursos arquitectónicos con las figuraciones de anagramas, santos y ángeles.

El resto del templo fue colmatándose paulatinamente de elementos iconográficos y litúrgicos asociados a la orden. Desde su apertura, contó con dieciséis esculturas de apóstoles y otros santos, que articulaban el ritmo del orden gigante apilastrado en hornacinas a dos niveles. Las capillas axiales fueron albergando a los nuevos santos de la Compañía, hasta dar dedicación a San Francisco de Borja, Santos Mártires del Japón, San Ignacio de Loyola y San Francisco Javier, con retablos realizados entre 1672 y 1678. El retablo mayor también ha variado sustancialmente a lo largo de los siglos, albergando primero a San Sebastián y posteriormente a San Luis Gonzaga y San Estanislao de Kostka, incorporados al santoral de la Compañía más tardíamente, hasta su configuración actual con el Santo Cristo.

Tras la expulsión de los Jesuitas, el templo fue paulatinamente perdiendo parte de este discurso iconográfico en favor de quienes, ocupándolo con nuevas advocaciones, mantuvieron el uso y funcionalidad del edificio. Así, los retablos de las capillas axiales dedicados a los santos de la Compañía pasaron a albergar nuevas vocaciones, como la del Santo Crucifijo y Ánimas, que ocupó primero la capilla que era de los Mártires del Japón y después, desde la llegada de la Cofradía de los Estudiantes a ella, un altar a los pies del templo. El resto de las capillas axiales fueron modificándose, tanto sus retablos como sus dedicaciones, con la Virgen de Araceli, la Exclavitud Dolorosa y, recientemente, San Francisco de Asís. En el s. XX también se añadió el retablo de la Virgen Milagrosa, sobre el cerramiento de la antigua puerta de acceso a la clausura del convento, en eje con la puerta de acceso de la calle Compañía. Otras imágenes y pequeños altares piadosos y devocionales han colmatado el perímetro del templo hasta nuestros días.